自行向航空公司訂位的問題 - 紐約

我因為暑假要去美國,所以現在在可能要開始訂位搶位了
然而我現在心中要搭的航空公司方案很多..除了便宜.
也希望轉機的班機能接的好一點.暑假價錢都還沒出來所以想先訂位

因為去美國還得接內陸段..再加從台灣出發還得轉機到香港或東京
比如說會:台北>香港>紐約>內地

我想問的是,我知道能自行向航空公司訂位子,再找旅行社開票
但像我這種二個航段(紐約到內地一樣)都不同一家航空公司,那我要怎麼訂位子呢?
我要分別跟二家航空公司訂嗎?
比如說台北到香港是搭華航,而香港到紐約又是美國大陸
如果訂到了,那會是什麼情形?有2家公司的訂位代碼嗎?

我是想說參考目前網路上的旅行社所推出方案,
如:在香港轉機的話可以搭華航,在東京轉機的話可搭日亞航..再自己配美國大陸航空
假如我決定去香港轉,我是不是自己跟華航訂一次,再跟美國大陸航空訂一次?

PS.假如我在同一天訂了1.香港轉再飛紐約
2.東京轉再飛紐約
航班當然完全不同(= =|||),但飛紐約都是美國大陸航空,這樣是允許的嗎?

麻煩有經驗的網友解答一下囉.先謝謝了~

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