系學會自治問題 - 社會議題

相信每所學校都有學生會以及系學會，之所以會有他們存在是要讓學生學習自治能力。
在看過大學法第 33 條 大學為增進教育效果，應由經選舉產生之學生代表出席校務會議，並出席
與其學業、生活及訂定獎懲有關規章之會議；學生出席校務會議之代表比
例不得少於會議成員總額十分之一。
大學應輔導學生成立由全校學生選舉產生之學生會及其他相關自治組織，
以增進學生在校學習效果及自治能力。
學生為前項學生會當然會員，學生會得向會員收取會費；學校應依學生會
請求代收會費。
大學應建立學生申訴制度，受理學生、學生會及其他相關學生自治組織不
服學校之懲處或其他措施及決議之事件，以保障學生權益。
前四項之辦法，於各大學組織規程定之。
然而我們系上目前情況是系會的印章在系主任身上，但指導老師卻不是他
只因為系主任跟系會起了一點衝突，
卻說了「之後活動要申請經費都不會核准，自己想辦法」
想詢問一下，這樣合不合理?
我想我們學生所繳的系費應該有自我使用權利
有相關法規或條款可以舉證嘛?
我們的權益該如何維護?
Update:
是的，打從一開始就是在系主任那邊，所以很悲劇。
但，還有沒有比較明理的方法?